%APPDATA%\Subversion\serversにある。

XP/2000だと、

c:\Document and Settings\ユーザ名\Application Data\Subversion\servers

Vistaだと、

c:\Users\ユーザ名\AppData\Roaming\Subversion\servers

このファイルで

[global]
http-proxy-host=xxxxx.xxx.xxx
http-proxy-port=8080

とか設定する